Информация не обновилась на госуслугах, такое часто бывает. Можете написать обращение на госуслугах на проверку актуальности и приложить документы, подтверждающие выписку предыдущего собственника и третьих лиц: информацию скорректируют и пришлют вам подтверждение

"Вопрос как такое могло случится" - ну, благодаря глюкам по или криворукости операторов случается и не такое... скорее всего действительно техническая ошибка, надо просто написать заявление на исправление, через те же госуслуги, если вы там уже фигурируете как новый собственник.
ребенок до 14 лет не может быть прописан (постоянно зарегистрирован) без кого-либо из родителей. ребенок от 14 до 18 лет может быть зарегистрирован отдельно от родителя/-лей, с их согласия, но тоже не где попало, а с обоснованием почему он зарегистрирован именно там. например у бабушки-дедушки или каких-то других родственников.
поэтому с подавляющей вероятностью в вашем случае имеет место быть техническая ошибка в результате бардака. если же это, паче чаяния, какое-то намеренное действие со стороны продавца (зачем?), то оно решается через суд, на основаниях, изложенных выше

У меня было на практике что-то похожее. Выписывали маму и ребенка, выписали, дали документ с печатью, а по факту не выписали мотивировав необходимостью согласия отца ребенка на выписку. Не помню уже как там все так получилось, но факт точно был. Мы быстро исправили ситуацию и поэтому в базу информация не попала. Возможно у вас получилось также, но с внесением информации в базу и последующем ее оттуда удалением.

Другой вариант, возможно информация не обновилась. Но тут возникает вопрос: мать выписывалась с ребенком и по логике вещей да и в силу закона ребенок должен был выписан вместе с мамой.
В общем вам в паспортный стол, разбираться.