Если договора будет два, то каждому налогоплательщику положен вычет 1 м.р.
Из Вашей ситуации следует, что в каждом договоре будет указано по 750 т.р.
Налог: (0,75-1)*13% = 0 руб. к уплате.
Каждый из супругов обязан подать налоговую декларацию.

Налоговый вычет получите с той суммы, которая указана в договоре, т.е. с 1 000 000 руб.

покупаем квартиру которая была в собсвенности менее трех лет, стоит она 3000000, риелтер настаивает чтобы в договоре стояла сумма 1000000 остальное по расписке, сможем ли мы в дальнейшем получить налоговый вычет за покупку этой квартиры

Не возникает. Разъяснения по подобным сделкам ФНС дала в 2012г. соответствующим письмом:

ФНС. Письмо от 02.11.2012 № ЕД-4-3/18611@

О размере имущественного налогового вычета по НДФЛ, предоставляемого налогоплательщикам, владеющим по 1/2 доли в праве собственности на квартиру, принадлежащую им менее трех лет.

В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ налогоплательщик при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц имеет право на получение имущественных налоговых вычетов в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 млн руб.

Если у двух налогоплательщиков имеется по 1/2 доли на квартиру, принадлежащую им менее трех лет, и на каждую долю оформлено свидетельство о государственной регистрации права, то в случае продажи налогоплательщиками своих долей по договору купли-продажи, в котором каждый налогоплательщик выступает продавцом своей доли как самостоятельного объекта купли-продажи, имущественный налоговый вычет по доходам от такой продажи предоставляется каждому налогоплательщику в сумме, не превышающей 1 млн руб.

Сумма дохода, превышающая сумму примененного имущественного налогового вычета, подлежит налогообложению по ставке 13 %.

Указанная позиция согласована с Министерством финансов РФ Письмом от 16.10.2012 N 03-04-08/1-352.

Подтверждаю, при рассматриваемом способе оформления налоги не возникнут.

Если по двум ДКП то налогов не возникнет.

Если два ДКП, то два объекта права (доли).
Каждому будет положен вычет 1млн.
Т.е. к уплате налога не будет.
Но всё-таки я бы посмотрел документы и узнал всю ситуацию...

Если у супругов - то наверное, все же не в долевой, а совместной? Для продажи по двум отдельным договорам нужно вначале определить доли - т.е. перевести режим собственности из совместного в долевой... Если это уже сделано - да, при продаже по двум отдельным договорам налогов не возникнет, но нужно будет подать правильно заполненную налоговую декларацию...